Бывший замглавы НМИЦ им. Е.Н. Мешалкина обвиняется по ч. 4 ст. 160 УК РФ (растрата с использованием своего служебного положения, совершенная организованной группой, в особо крупном размере), максимальная санкция по этой статье предусматривает до 10 лет лишения свободы.

По версии следственного отдела регионального УФСБ, занимавшегося расследованием дела, Евгений Покушалов в 2015–2018 годах вместе с другими фигурантами дела – экс-руководителем НМИЦ Александром Караськовым, его супругой, руководителем организационно-клинической службы центра Ириной Бойцовой и руководителями компаний – создал для ряда юрлиц условия для победы на аукционах, в которых федеральная организация закупала различные медицинские товары. В результате Покушаловым были похищены 1,9 млрд рублей.

Евгений Покушалов был задержан сотрудниками ФСБ в феврале 2019 года, в апреле того же года его перевели из СИЗО под домашний арест. В декабре 2019 года фигуранты дела перечислили Минздраву Новосибирской области более 960 млн рублей в качестве компенсации за нанесенный ущерб. После этого хирург заключил с прокуратурой досудебное соглашение о сотрудничестве и был отпущен под подписку о невыезде в феврале 2020 года.

В марте 2021 года суд по иску региональной прокуратуры постановил изъять в собственность РФ квартиру Покушалова в США стоимостью $1,28 млн.

В начале июня 2021 года дело в отношении Евгения Покушалова поступило в Центральный районный суд Новосибирска для рассмотрения по существу. Дело в отношении других фигурантов – Александра Караськова и Ирины Бойцовой – направлено в региональную прокуратуру для утверждения обвинительного заключения.