Во время заседания в приговор Центрального районного суда Новосибирска были внесены изменения. Покушалову зачли в срок заключения время, которое он провел в СИЗО со дня оглашения приговора до вступления его в законную силу, – таким образом, срок уменьшился на 4,5 месяца. Кроме того, защита осужденного предоставила документы о выплате Покушаловым назначенного штрафа 400 тысяч рублей.
О задержании бывшего замдиректора НМИЦ им. Е.Н. Мешалкина сотрудниками ФСБ стало известно в феврале 2019 года. Евгению Покушалову вменяли ч. 4 ст. 160 УК РФ (растрата с использованием своего служебного положения). В апреле он был переведен из СИЗО под домашний арест.
Следователи установили, что с 2015 по 2019 год Покушалов совместно с другими фигурантами дела, в числе которых экс-директор НМИЦ Александр Караськов, его супруга, руководитель организационно-клинической службы центра Ирина Бойцова и руководители нескольких компаний, создали для семи юридических лиц условия, способствующие их победе на аукционах по закупке медицинских товаров по государственным контрактам на сумму более 7,8 млрд рублей. Выяснилось, что всего организованная группа смогла похитить 1,9 млрд рублей.
В конце 2019 года фигуранты дела перечислили свыше 960 млн рублей Минздраву Новосибирской области в качестве компенсации нанесенного ущерба. После этого Евгений Покушалов заключил досудебное соглашение с прокуратурой – тогда его отпустили под подписку о невыезде. Позднее его дело было выделено в отдельное производство, а дело Караськова, Бойцовой и других фигурантов Центральный районный суд Новосибирска в октябре 2021 года вернул в региональную прокуратуру «для устранения препятствий его рассмотрения судом».
Советский районный суд Новосибирска по иску прокуратуры в марте 2021 года также принял решение изъять в доход государства квартиру Евгения Покушалова стоимостью $1,28 млн, находящуюся в районе Бруклин (Нью-Йорк, США). Позднее была конфискована еще одна квартира в США – объект недвижимости стоимостью $1,3 млн принадлежал компании One Hanson Place 16G LLC, совладельцем которой является Покушалов.
Уголовное дело бывшего замдиректора НМИЦ начали рассматривать в суде в июле 2021 года, тогда он полностью признал вину и раскаялся. В ходе выступления с последним словом Покушалов просил суд снизить категорию тяжести преступления и в случае обвинительного приговора избрать такое наказание, которое не будет связано с лишением свободы. В ноябре 2021 года Центральный районный суд Новосибирска постановил признать Евгения Покушалова виновным в особо крупной растрате и назначить ему наказание в виде лишения свободы на 2,5 года в колонии общего режима и штрафа 400 тысяч рублей.
