В июле 2019 года УФАС по Башкортостану возбудило антимонопольное дело в отношении ГУП «Башфармация». По данным расследования, госпредприятие проводило закупки слишком широкого перечня товаров и услуг у единственного поставщика, фактически определяя его по собственному усмотрению, что противоречит закону «О защите конкуренции».

Ранее, в феврале 2019 года, Контрольно-счетная палата Башкирии провела проверку ГУП, выявив в период 2016-2017 годов 99-процентную долю неконкурентных закупок «Башфамации». При этом стоимость более 70% закупаемых госкомпанией препаратов была выше, чем у остальных поставщиков в регионе.

После опубликования результатов аудита – в апреле 2019 года – Минздрав республики расторг трудовой договор с гендиректором «Башфармации» Салаватом Рахматуллиным. Одним из поводом послужили результаты аудита.

В рейтинге Vademecum «ТОП200 аптечных сетей России» ГУП «Башфармация» с выручкой 1,75 млрд рублей по итогам шести месяцев 2019 года заняла 39-е место.