Бойцову поместили в СИЗО 5 июня 2019 года по решению Центрального районного суда Новосибирска. Адвокат Бойцовой предлагала избрать подозреваемой меру пресечения в виде домашнего ареста или отпустить под залог в размере 2,5 млн рублей, однако суд вынес решение заключить ее под стражу.

По мнению судьи, будучи на свободе, Ирина Бойцова может уничтожить вещественные доказательства, а состояние ее здоровья позволяет нахождение в СИЗО.  Во время судебного заседания стало известно о том, что у Бойцовой имеется  недвижимость в Таиланде, оформленная на других лиц.

Дело возбуждено по ч. 4 ст. 159 УК РФ (мошенничество, совершенное организованной группой либо в особо крупном размере) и ст. 174.1 УК РФ (легализация преступных доходов). Помимо Бойцовой, подозреваемыми проходят экс-директор центра Александр Караськов, его заместитель Евгений Покушалов, топ-менеджеры ГК «Клатона» Александр Сорокин, Евгений Первушин и Александр Третьяков. 

Уже после возбуждения уголовного дела Минздрав РФ провел собственную проверку работы центра и обнаружил множество недочетов, в том числе нарушение антикоррупционного законодательства и конфликт интересов. Например, учредителем компании ООО «Компания ФИТО» и ООО «Терра», с которым в 2017-2018 годах НМИЦ было заключено контрактов на 483,9 млн рублей, являлся Александр Мартынюк – супруг руководителя финансовой службы НМИЦ им. академика Е.Н. Мешалкина Татьяны Мартынюк. Вопрос о конфликте интересов в клинике не поднимался, говорится в отчете о проверке, а НМИЦ, вопреки требованиям законодательства, не согласовывал проведение закупок с Минздравом.

ООО «Компания ФИТО» входит в ГК «Клатона» Александра Сорокина и Евгения Первушина, фигурирующих в уголовном деле. Этой организации и другим структурам группы («Фаворит», «Легион-Новосибирск», «Клатона», «Новомед», «Инфомед», «Медицинские системы», «Фарминтер») достались 82,1% от общей суммы потраченных на закупку по коду «прочие товары и услуги» средств. Это 2,8 млрд рублей из 3,4 млрд, потраченных за 2018 год.