В состав НПС войдут представители подведомственных Минздраву научных организаций, вузов и медучреждений. При этом члены НПС могут привлекать внешних экспертов из врачебного сообщества или медицинских профессиональных некоммерческих организаций. 

Помимо одобрения КР и отправки их на доработку, НПС сможет создавать рабочие группы по разработке и пересмотру КР.

За КР должны проголосовать не менее двух третей от числа голосов присутствующих на заседании членов совета.

Необходимость создания научно-практического совета, рассматривающего клинические рекомендации, была зафиксирована в поправках к ФЗ №323 «Об охране здоровья». Представители профессионального сообщества критиковали законопроект и предлагали внести в него различные коррективы, однако документ в декабре 2018 года был без серьезных изменений одобрен парламентом и подписан президентом Владимиром Путиным.

Клинические рекомендации, согласно принятому закону, должны содержать «основанную на научных доказательствах структурированную информацию по вопросам профилактики, диагностики, лечения и реабилитации», а также протоколы лечения пациента и «варианты применения медицинского вмешательства».

Клинические рекомендации разрабатываются медицинскими профессиональными некоммерческими организациями по отдельным заболеваниям или состояниям (группам заболеваний или состояний) с указанием медицинских услуг, предусмотренных номенклатурой. Перечень таких заболеваний составляет Минздрав.

К 2022 году профессиональное сообщество и Минздрав должны обновить или впервые разработать клинические рекомендации по каждой нозологии. Вице-премьер Татьяна Голикова пообещала, что в первую очередь будут обновлены клинические рекомендации для онкологических заболеваний.⁠