По данным следствия, Протопопов решил погасить долг по возмещению морального вреда за счет больницы. Для этого с января по апрель 2018 года он премировал отдельных работников на общую сумму 1,2 млн рублей. Сотрудники отдавали все полученные средства главному врачу.

Кроме того, в отношении главврача Владимира Протопопова в 2017 году  возбуждалось уголовное дело по ч. 1 ст. 238 УК РФ (оказание услуг, не отвечающих требованиям безопасности жизни и здоровья потребителей), после того как поступивший на лечение ребенок получил ожоги лица 1-2-й степени в результате ультравысокочастотной терапии. 

Следователи утверждают, что главный врач не организовал техническое обслуживание аппарата УВЧ-80 «Новоан-ЭМА» в послегарантийный период, что привело к причинению телесных повреждений несовершеннолетнему. 

Протопопов признал вину и выплатил причиненный ущерб, после чего «следователь по заявлению обвиняемого направил в суд Ленинского района города Новосибирска ходатайство о прекращении уголовного дела с назначением обвиняемому меры уголовно-правового характера в виде судебного штрафа».

За хищение более 8,5 млн рублей бюджетных средств под суд пойдут коллеги Протопопова – бывший главврач новосибирской Детской городской клинической больницы №3 и его заместитель. Деньги, по мнению следствия, обвиняемые с 2015 по 2016 год вместе с сотрудником страховой компании получили, минуя кассу и без оформления договора, от пациентов, оплативших пребывание в условиях повышенной комфортности.