Изменилось также определение клинических рекомендаций, которое теперь звучит так: «документы, содержащие основанную на научных доказательствах структурированную информацию по вопросам профилактики, диагностики, лечения и реабилитации, в том числе протоколы ведения (протоколы лечения) пациента, варианты применения медицинского вмешательства и описание последовательности действий медицинского работника с учетом течения заболевания, наличия осложнений и сопутствующих заболеваний, иных факторов, влияющих на результаты оказания медицинской помощи».

Клинические рекомендации разрабатываются медицинскими профессиональными некоммерческими организациями по отдельным заболеваниям или состояниям (группам заболеваний или состояний) с указанием медицинских услуг, предусмотренных номенклатурой. Перечень таких заболеваний составляет Минздрав РФ.

В научно-практический совет Минздрава, который будет одобрять либо отклонять клинические рекомендации, войдут представители научных организаций, вузов, медицинских учреждений.

В апреле 2018 года председатель Правительства РФ Дмитрий Медведев подписал распоряжение о внесении в Госдуму проекта поправок к ФЗ-323 «Об охране здоровья». Документ утверждает клинические рекомендации в новом статусе – они станут обязательными для исполнения. В мае Правительство РФ направило на рассмотрение Госдумы проект поправок к закону. После того как он будет принят, клинические рекомендации будут учитываться при организации оказания медпомощи. Более того, на основе клинических рекомендаций будут формироваться критерии оценки качества медпомощи.