Согласно проекту ведомственного приказа, чтобы согласовать крупную сделку, учреждение должно направить в ФМБА письмо с указанием обоснования и цели совершения сделки, ее предмета, цены в рублях и источника финансирования. К письму необходимо приложить проект договора (контракта), расчет цены, отчет об оценке рыночной стоимости имущества, с которым предполагается совершить крупную сделку, произведенной не ранее чем за три месяца до представления отчета (при необходимости), копию бухгалтерского баланса учреждения на последнюю отчетную дату, справку о дебиторской и кредиторской задолженности на текущую дату и справку о способности исполнения обязательств учреждения по крупной сделке с указанием источника финансирования.

Затем в течение 15 календарных дней Управление финансового и бухгалтерского обеспечения ФМБА должно провести проверку этих документов и подготовить проект предварительного решения. Если документы не пройдут проверку, то их вернут учреждению. Решение о предварительном согласовании крупной сделки будет направляться в учреждение в течение семи календарных дней.

Для принятия решения об одобрении сделки учреждение должно направить в ФМБА письмо с копиями договоров, отчетом об оценке рыночной стоимости, копией бухгалтерского баланса учреждения, справкой о дебиторской и кредиторской задолженности, копией проекта договора и лицензии, копией справки-обоснования, а также справку о прогнозе влияния результатов сделки на повышение эффективности деятельности учреждения, справку о способности исполнения обязательств учреждения ‎по сделке, справку, содержащую сведения о возможных конфликтах интересов.

После этого документы направляются в Управление финансового и бухгалтерского обеспечения. Там проходит проверка и принимается решение об одобрении.

Заинтересованное лицо, нарушившее обязанность, будет нести перед учреждением ответственность в размере убытков, причиненных ему в результате совершения сделки, независимо от того, была ли эта сделка признана недействительной, если не докажет незнание о предполагаемой сделке или о своей заинтересованности в ее совершении. Аналогичную ответственность будет нести руководитель учреждения, не являющийся лицом, заинтересованным в совершении сделки, если не докажет, что он не знал и не мог знать о наличии конфликта интересов в отношении этой сделки.

ФМБА до января 2020 года находилось в ведении Минздрава РФ, затем агентство было передано в подчинение Правительству России. В середине июня 2024 года оно перешло в ведение Президента РФ.

В январе 2025 года ФМБА представило проект порядка работы своей сети наблюдения и лабораторного контроля гражданской обороны и защиты населения. Эта структура формируется из учреждений, подведомственных ФМБА и занимающихся наблюдением и контролем за радиационной, химической и биологической обстановкой в организациях с особо опасными условиями труда и на отдельных территориях РФ. Планируется, что учреждения будут проводить инструментальные измерения и лабораторные исследования объектов окружающей среды. Проект пока не принят.