В 2023 году Валерий Главацкий уже был обвинен в совершении обозначенных выше преступлений. На тот момент Хорошевский суд приговорил его к семи годам лишения свободы, однако позднее решение было обжаловано в апелляционном суде.

По версии следствия и суда, с осени 2010 до весны 2013 года Главацкий вместе с соучастниками похитил свыше 424 млн рублей, которые были направлены «НТфарме» от «Роснано» на разработку препаратов. Главацкий с помощью подконтрольных лиц оказывал влияние на решение совета директоров «НТфармы» о распределении средств на счета компаний сообщников преступления.

Главацкий и его подельники зарегистрировали компанию, через которую осуществлялась легализация полученных денег. Так, в 2010–2014 годах фигуранты освоили свыше 358 млн рублей под видом платежей по сделкам.

В 2022 году Валерий Главацкий был привлечен к субсидиарной ответственности по банкротству «НТфармы» вместе с экс-директорами Рустамом Атауллахановым и Евгением Султановым, которых в 2020 году приговорили к 8 и 5 годам колонии соответственно по делу о растрате и легализации преступных доходов. Однако позднее решение суда в отношении Главацкого было оспорено. «НТфарма» признана банкротом в 2021 году (процесс начался в 2020-м), ее суммарный долг перед кредиторами составил 1,58 млрд рублей.

По данным Rusprofile, Валерий Главацкий никогда не являлся генеральным директором «НТфармы», хотя он назван таковым в ряде источников. В том числе он обозначен как бывший руководитель компании конкурсным управляющим в определении суда.

В июне 2023 года суд взыскал с учредителей и экс-руководителей «НТфармы» 824,5 млн рублей убытков. В заявлении конкурсного управляющего среди ответчиков фигурировал также Валерий Главацкий, однако суд счел, что доказательств его причастности к формированию этих убытков нет.