Изначально следователи полагали, что Кравченко брал взятки от заключенных и фальсифицировал результаты их медицинских освидетельствований. В 2020 году бывший главврач якобы незаконно освободил четырех осужденных и четырех арестованных, а также перевел без оснований на больничный режим еще одного «авторитетного» заключенного.
Позднее обвинение в получении взятки сняли, так как не смогли подтвердить корыстный мотив действий Кравченко, но добавили ч. 3 ст. 285 УК РФ (злоупотребление должностными полномочиями, повлекшее тяжкие последствия). Представитель прокуратуры запрашивал для фигуранта наказание в виде 9 лет колонии строгого режима.
Александра Кравченко задержали 18 января 2022 года. У силовиков якобы была некая оперативная информация о возможной противоправной деятельности офицера, который с конца 2019 года руководил расположенной на территории «Матросской тишины» больницей – филиалом медико-санитарной части №77 ФСИН России. Решением Пресненского районного суда Москвы через два дня после задержания Александра Кравченко отправили в СИЗО. Ему вменяли ст. 286 УК РФ (превышение должностных полномочий) и ст. 290 УК РФ (получение взятки). Как полагали следователи, медик брал у заключенных взятки для фальсификации результатов медицинских освидетельствований, что должно было освободить осужденных от наказания и содержания под стражей.
Сам экс-главврач настаивает, что у него была «сложная и напряженная должность», так как в медучреждение привозили самых тяжелых пациентов из всех СИЗО Москвы. В больницу привозили и заключенных из других регионов, «с которыми просто не знали, что делать».
В феврале 2023 года дело Александра Кравченко поступило в суд. Адвокат подсудимого Дмитрий Рощин тогда отмечал, что обвинение так и не разъяснило, в чем заключаются тяжкие последствия от действий врача. Защита поясняет: под этим должны подразумеваться некие материальные убытки, причинение вреда здоровью или смерти. Но в результате действий врача заключенные лишь сменили тюремные больничные палаты на гражданские, никто из них не совершил повторных преступлений.
В ходе судебных заседаний показания дала начальник МСЧ-77 ФСИН России Галина Тимчук. По ее словам, Кравченко зарекомендовал себя как «грамотный руководитель» – с его помощью улучшен статус больницы, а также снижен отток сотрудников, налажена и увеличена «хирургическая активность». По словам Тимченко, руководитель медучреждения не имел отношения к размещению следственно-арестованных на территории больницы, поэтому данные обвинения о том, что Кравченко хотел разгрузить «Матросскую тишину» с помощью перевода больных в другие медучреждения, Тимчук сочла несостоятельными.
