Трухин, по версии властей Республики Никарагуа, нарушил положения конституции государства, закона №761, Общего закона о миграции и иммиграции и его положений. В чем именно заключается правонарушение, не уточняется. С 2021 года Виктор Трухин являлся почетным консулом Республики Никарагуа в Санкт-Петербурге.

В сентябре 2023 года Виктора Трухина заключили под стражу по обвинению в особо крупной растрате. По версии следователей, Трухин необоснованно перевел бюджетные средства в размере $5,9 млн (436,7 млн рублей по курсу на момент возможного преступления) на счет зарегистрированной в Никарагуа «дочки» СПбНИИВС – The Latin American Institute of Biotechnology Mechnikov (Институт Мечникова). О списании средств со счета НИИ стало известно в ходе плановой антикоррупционной проверки сотрудниками ФМБА.

Дело против него возбуждено по ч. 4 ст. 160 УК РФ. Сам экс-директор НИИ свою вину отрицает, но активно сотрудничает со следствием.

С поста директора СПбНИИВС Трухина уволили 4 сентября. Руководитель перед уходом написал прощальное письмо своим коллегам, где сообщил, что решение оставить должность было не его. Кроме того, Трухин перечислил заслуги коллектива, включая разработку вакцины Конвасэл против коронавирусной инфекции, и назвал этот год «эпохальным в истории наших институтов».

Виктор Трухин был директором НИИ вакцин и сывороток с 2011 года. Он организовывал поставки препаратов в труднодоступные места Латинской Америки и курировал создание лекарств на заводе в Никарагуа. Разработанные под руководством Трухина препараты зарегистрированы и применяются в 17 странах.