Согласно документации конкурса, сейчас в институте необходимо отремонтировать четырехэтажное здание позитронно-эмиссионной томографии (ПЭТ), часть семиэтажного лабораторно-клинического корпуса (ЛКК), его пристройки, пищеблок и отдельное двухэтажное здание ­– участок работы с отходами. Здание корпуса ПЭТ классифицируется как корпус с повышенной ответственностью.

В задание по реконструкции входит изменение планировки, замена аппаратов ПЭТ и МРТ, а также хирургических навигационных систем, расширение площади пищеблока и облагораживание территории. Также отмечается, что реконструируемая территория находится в границах зоны объектов культурного наследия.

В апреле 2019 года Счетная палата (СП) России при проверке Института мозга человека и Дирекции единого заказчика по строительству, капитальному и текущему ремонту обнаружила, что длившееся с 2014 года строительство лечебного корпуса учреждения не соответствовало проектно-сметной документации, а закупка медицинского оборудования производилась с нарушениями. 

Совокупный объем ущерба СП оценила в 2,8 млрд рублей. Институт оплатил невыполненные строительные и монтажные работы почти на 9 млн рублей. Также институт принял работы и технологическое оборудование, не соответствующие утвержденной документации, на сумму более 770 млн рублей. В итоге, по информации Vademecum, лечебный корпус достроили летом 2023 года.