Правительство также поручило обеспечить в 2023 году уровень строительной готовности объекта не менее 45%. Изначально планировалось, что к этому времени корпус будет готов полностью.

Масштабная реконструкция РНЦХ стартовала в 2009 году. Тогда для проведения работ пришлось сократить коечный фонд и переместить все отделения в кардиологический корпус и частично – в корпус гипербарической оксигенации. Кроме того, была сокращена и операционная активность по торакальной хирургии, хирургии пищевода, желудка, трансплантации, хирургии желчных путей, реконструктивной хирургии. Уменьшились объемы квот и финансирование центра, однако срок сдачи корпуса в эксплуатацию все равно неоднократно переносился.

В ноябре 2018 года на завершение реконструкции правительство распорядилось направить 5,4 млрд рублей. Планировалось, что объект будет введен в строй до конца 2020 года, однако этого не произошло. В феврале 2021 года на завершающий этап реконструкции правительство направило еще 5,9 млрд рублей. В сентябре того же года было дополнительно выделено 1,9 млрд.

В состав РНЦХ им. Б.В. Петровского 1 апреля 2022 года вошли пять федеральных учреждений – Центральная клиническая больница РАН, Больница РАН в Троицке (Московская область), Санаторий им. А.М. Горького РАН в Кисловодске (Ставропольский край), Пансионат им. А.И. Майстренко (Краснодарский край) и НИИ морфологии человека им. академика А.П. Авцына. На базе объединенных центров создан медицинский научно-клинический кластер, все учреждения работают как одно юрлицо.