Планируется, что в корпусе общей площадью более 19 тысяч кв. м будут размещены приемные отделения с диагностическими палатами, отделения врожденных пороков сердца, современные операционные, палаты интенсивной терапии, отделения реанимации, центр мультимодальной визуализации.

Томский НИМЦ РАН образован 1 июля 2016 года по инициативе ФАНО России при поддержке администрации Томской области на базе Томского НИИ онкологии путем присоединения к нему пяти академических институтов медицинского профиля (НИИ кардиологии, НИИ психического здоровья, НИИ фармакологии и регенеративной медицины им. Е.Д. Гольдберга, НИИ медицинской генетики, НИИ акушерства, гинекологии и перинатологии) и Тюменского кардиоцентра.

В январе 2022 года Министерство науки и высшего образования РФ подвело итоги отбора научных организаций для получения в 2022 году грантов на обновление приборной базы по федпроекту «Развитие инфраструктуры для научных исследований и подготовки кадров» (входит в национальный проект «Наука и университеты»). Согласно результатам конкурсного отбора, Томский НИМЦ РАН получил самый большой грант среди медучреждений – 203,7 млн рублей. На эти средства центр планировал закупить 20 приборов для научных лабораторий и клиник.

В январе 2023 года Федеральный фонд ОМС (ФФОМС) опубликовал в открытом доступе отчет о работе системы ОМС в России за 2021 год. Не считая университетов, больше всего на ОМС из организаций Минобрнауки заработал Томский НИМЦ (1,3 млрд рублей). Традиционно много случаев лечения по ОМС оказывают в организациях Управления делами Президента РФ – восемь медорганизаций (почти все в Москве и области) получили 4,23 млрд рублей.