По данным суда, представленные Евгением Покушаловым и его женой данные о доходах за 2014–2017 годы не отражали их реального заработка. В 2014 и 2017 годах кардиохирург приобрел две квартиры в районе Бруклин (Нью-Йорк, США) общей стоимостью около 123 млн рублей, что не было зафиксировано в ежегодных отчетах. Кроме того, отметили в суде, потраченная на покупку квартир сумма значительно превышала совокупный доход супругов.
Иск прокуратуры об изъятии американской недвижимости Покушаловых в доход РФ Советский районный суд Новосибирска удовлетворил еще в начале марта 2021 года. В июле того же года это решение поддержали в апелляционной инстанции – Новосибирском областном суде.
Теперь же, приняв исковые требования Территориального управления Федерального агентства по управлению государственным имуществом Новосибирской области, Советский райсуд Новосибирска указал на невозможность изъять квартиры Покушаловых в США в доход РФ и поэтому принял решение взыскать с супругов стоимость недвижимости. Решение суда по состоянию на 17 апреля 2023 года в силу не вступило.
В 2022 году тот же суд постановил конфисковать квартиру в Академгородке Новосибирской области, которую, по данным ведомства, Евгений Покушалов купил за 37 млн рублей и затем оформил на родственницу. Решение об изъятии Покушалов оспорить не смог.
В начале ноября 2021 года Центральный районный суд Новосибирска признал Евгения Покушалова виновным по делу о хищении в составе группы 1,9 млрд рублей при госзакупках в НМИЦ им. Е.Н. Мешалкина и назначил ему 2,5 года колонии общего режима со штрафом в размере 400 тысяч рублей. Прокуратура запрашивала для обвиняемого 3,5 года колонии.
По данным следствия и суда, Евгений Покушалов в 2015–2018 годах совместно с другими фигурантами дела – бывшим руководителем НМИЦ им. Е.Н. Мешалкина Александром Караськовым, его супругой, главой организационно-клинической службы центра Ириной Бойцовой и директорами нескольких компаний – создали для ряда юрлиц условия для победы на аукционах, по которым центр закупал различные медицинские товары. По подсчетам СК, таким образом фигуранты похитили из бюджета 1,9 млрд рублей.
В феврале 2019 года Покушалова задержали сотрудники ФСБ, а суд поместил его под стражу. В апреле врача перевели из СИЗО под домашний арест. В конце этого же года фигуранты дела перечислили Минздраву Новосибирской области более 960 млн рублей в качестве компенсации за нанесенный ущерб.
Покушалов в начале 2020 года заключил с прокуратурой досудебное соглашение о сотрудничестве и был отпущен под подписку о невыезде. Он полностью признал вину. В связи с этим дело Покушалова рассматривалось в суде отдельно. Процесс в отношении других фигурантов начался в марте 2022 года.
В феврале 2023 года Евгений Покушалов подал ходатайство об условно-досрочном освобождении, чтобы продолжить заниматься научной деятельностью. В марте заявление осужденного было удовлетворено. Однако прокуратура Новосибирской области следом подала апелляционную жалобу на это решение, определение суда по этому ходатайству на момент публикации новости объявлено не было.
