Владимир Агеев в 1996–1998 годах занимал должность помощника министра здравоохранения. В 1997 году по инициативе Минздрава был создан некоммерческий фонд «Здоровье» для разработки и реализации федеральных программ по развитию здравоохранения, Агеев несколько лет руководил этим фондом. Инвестиционный портал Липецкой области называет Агеева одним из разработчиков стратегии «Фарма-2020».

С 2002 по 2007 год Агеев возглавлял «ЗиО-Здоровье». В 2006 году 51% акций предприятия купила исландская Actavis Group (затем «Ирвин»).

В середине 2000-х Владимир Агеев с партнерами инициировал создание завода «Рафармы» в СЭЗ «Тербуны» Липецкой области для производства антибиотиков и онкопрепаратов, под проект удалось привлечь финансирование Внешэкономбанка. В 2011 году была открыта первая очередь завода. В 2017 году «Рафарму» купил «Протек», заплативший собственнику предприятия 661,5 млн рублей. Участники рынка называли на тот момент собственником Агеева.

В последнее время Агеев разрабатывал технологию производства систем специального функционального питания.

Редакция Vademecum выражает соболезнование родным, близким и коллегам Владимира Васильевича.