Караськов и Бойцова были задержаны 3 июня 2019 года, дело возбуждено по ч. 4 ст. 159 УК РФ (мошенничество, совершенное организованной группой либо в особо крупном размере) и ст. 174.1 УК РФ (легализация преступных доходов).

Центральный районный суд Новосибирска 5 июня 2019 года постановил поместить Бойцову в СИЗО, Караськова заключили под стражу 11 июня. Адвокаты подозреваемых обжаловали решение в Новосибирском областном суде, однако жалобы были отклонены. В начале августа суд продлил супругам срок содержания в СИЗО до 19 ноября 2019 года, а затем изменил им меру пресечения на домашний арест на тот же срок.

В ноябре 2019 года суд продлил подозреваемым срок домашнего ареста до 19 февраля 2020 года.

В деле помимо супругов фигурируют топ-менеджеры ГК «Клатона» Александр Сорокин, Евгений Первушин и Александр Третьяков, а также заместитель Караськова Евгений Покушалов.

В декабре 2019 года Александр Караськов, Ирина Бойцова и Евгений Покушалов перечислили Минздраву Новосибирской области более 850 млн рублей в качестве компенсации за нанесенный ущерб. По словам одного из адвокатов фигурантов дела, денежное возмещение будет учтено судом при вынесении приговора.