Уголовное дело было возбуждено в ноябре 2015 года по заявлению матери погибшего подростка – пациента Каабака, перенесшего трансплантацию почки в 2012 году. Врача обвиняли в совершении преступления, предусмотренного ч. 2 ст. 293 УК РФ (халатность, повлекшая за собой смерть человека). В 2019 году следствие по делу было приостановлено.
Первая экспертиза по делу, проведенная в 2012 году в Российском центре судебно-медицинской экспертизы (РЦ СМЭ) Минздрава РФ, сочла дефектом оказания медицинской помощи применение off label протокола иммуносупрессии, содержащего не зарегистрированный в России препарат Кэмпас (алемтузумаб). Одним из экспертов выступал директор ФНЦ (сейчас НМИЦ) трансплантологии и искусственных органов им. академика В.И. Шумакова Сергей Готье.
В заключении второй экспертизы, проведенной в 2015 году, содержалось указание на те же недостатки в оказании медицинской помощи. По словам адвокатов Каабака, результаты последней экспертизы, проведенной в 2019 году, указаний на дефекты оказания медицинской помощи уже не содержат. Документ был приобщен к делу. Несмотря на это, адвокатов Каабака пока не приглашали ознакомиться с материалами, а следователь, ведущий дело, находится в отпуске.
Применение Кэмпаса в октябре 2019 года стало поводом для увольнения из НМИЦ здоровья детей работавших на 0,25 ставки Михаила Каабака и его коллеги Надежды Бабенко. Ситуация вызвала широкий общественный резонанс: петиция против увольнения трансплантологов собрала более 300 тысяч подписей, а позднее к делу подключилась министр здравоохранения Вероника Скворцова (с 2020 года возглавила ФМБА России). По ее поручению Каабак, как руководитель отделения трансплантации, и Бабенко, как его заместитель, были восстановлены в должностях уже на полную ставку.