В настоящее время внеплановые проверки ведомства регламентируются Федеральным законом №294 от 26 декабря 2008 года «О защите прав юридических лиц и индивидуальных предпринимателей при осуществлении государственного контроля (надзора) и муниципального контроля». Основанием для внеплановых проверок, среди прочего, считается невыполнение предписаний плановых проверок, поступающие из различных источников (в том числе из материалов СМИ) данные о нарушениях, приказы контролирующего органа.

В начале ноября 2019 года Минздрав подготовил проект постановления правительства, согласно которому Росздравнадзор получит право проводить контрольные закупки «в целях проверки соблюдения медицинской организацией порядка и условий предоставления платных медицинских услуг». Полномочиями на проведение таких закупок Росздравнадзор наделил принятый в декабре 2018 года федеральный закон.