В середине июня 2019 года Садовой был приговорен к трем годам лишения свободы в колонии общего режима и штрафу в 100 тысяч рублей по уголовному делу по ч. 4 ст. 160 УК РФ (присвоение или растрата в особо крупном размере).

Суд посчитал, что Садовой вместе с научным консультантом НИИТО Сергеем Поскочиным присвоили 10,7 млн рублей, оформляя фиктивные премии сотрудникам института. Садовой признал вину частично, настаивая на том, что финансовые вопросы решал Поскочин, который, по ранее озвученным данным следователей, скрылся за границей. 

В начале июля адвокат подал апелляционную жалобу на решение Центрального районного суда Новосибирска. По итогам заседания Новосибирский областной суд смягчил наказание до 2,5 года лишения свободы общего режима. Кроме того, по данным адвоката, Садовой возместил причиненный институту ущерб.

В Минздраве РФ обещали, что уголовное дело в отношении Садового не повлияет на «лидерские позиции» НИИТО. Однако, как писал экс-директор НМИЦ им. академика Е.Н. Мешалкина Александр Караськов в письме президенту Владимиру Путину, с тех пор в НИИТО сократилось количество операций с 17 тысяч до 1,5 тысячи, а большая часть высококлассных специалистов уволились.

И. о. директора НИИТО является Ирина Кирилова, заместитель директора по научной работе.