Летом 2018 года ГСУ СК РФ возбудило уголовное дело по ч. 4 ст. 159 УК РФ (мошенничество, совершенное группой лиц в особо крупном размере) в отношении руководителя компании Ольги Кузнецовой, ее заместителя Евгения Когана, экс-председателя комитета по социальной политике областного Заксобрания Игоря Тихонова и бывшего министра здравоохранения Рашида Абдуллова. Все они обвинялись в том, что в 2017-2018 годах вынуждали медучреждения региона закупать медицинский кислород на условиях, выгодных для АО «Ульяновскфармация». Нанесенный государству ущерб следствие оценило более чем в 10 млн рублей.

В августе 2018 года Абдуллова арестовали. Следствие настаивало на продлении срока ареста, но добиться этого не удалось. По словам адвоката Натальи Якуповой, в суде было отмечено, что следствие велось неэффективно, кроме того, учтено состояние здоровья обвиняемого – в марте 2019 года Абдуллов получил третью группу инвалидности. Теперь он будет находиться у дочери в Красногорске Московской области. 

Полностью признавший свою вину предшественник  Абдуллова Павел Дегтярь тоже находится под домашним арестом по тому же делу. По версии следствия, именно Дегтярь в силу занимаемой должности принудил медучреждения к заключению контрактов.

АО «Ульяновскфармация» тем временем подало заявление в Арбитражный суд Ульяновской области, инициировав собственное банкротство. Сумма денежных обязательств госкомпании перед кредиторами составляет более 1 млрд  рублей.