Караськова заключили под стражу 11 июня 2019 года по решению Центрального районного суда Новосибирска, назначившего срок ареста до 9 августа. Адвокат подозреваемого Виктор Салапанов сразу заявил, что намерен обжаловать решение суда.

Накануне Новосибирский облсуд также отклонил апелляцию адвокатов супруги Караськова Ирины Бойцовой и тоже оставил ее под арестом. Бойцова, как руководитель организационно-клинической службы НМИЦ, подозревается в растрате.

Дело возбуждено по ч. 4 ст. 159 УК РФ (мошенничество, совершенное организованной группой либо в особо крупном размере) и ст. 174.1 УК РФ (легализация преступных доходов). Помимо Караськова и Бойцовой, подозреваемыми проходят бывший замдиректора НМИЦ Евгений Покушалов, топ-менеджеры ГК «Клатона» Александр Сорокин, Евгений Первушин и Александр Третьяков.

Уже после возбуждения уголовного дела Минздрав РФ провел собственную проверку работы центра и обнаружил множество недочетов, в том числе нарушение антикоррупционного законодательства и конфликт интересов. Например, учредителем компании ООО «Компания ФИТО» и ООО «Терра», с которым в 2017-2018 годах НМИЦ было заключено контрактов на 483,9 млн рублей, являлся Александр Мартынюк – супруг руководителя финансовой службы НМИЦ им. академика Е.Н. Мешалкина Татьяны Мартынюк. Вопрос о конфликте интересов в клинике не поднимался, говорится в отчете о проверке, а НМИЦ, вопреки требованиям законодательства, не согласовывал проведение закупок с Минздравом.

ООО «Компания ФИТО» входит в ГК «Клатона» Александра Сорокина и Евгения Первушина, фигурирующих в уголовном деле. Этой организации и другим структурам группы («Фаворит», «Легион-Новосибирск», «Клатона», «Новомед», «Инфомед», «Медицинские системы», «Фарминтер») достались 82,1% от общей суммы потраченных на закупку по коду «прочие товары и услуги» средств. Это 2,8 млрд рублей из 3,4 млрд, потраченных за 2018 год.