Евгений Филиппов окончил Кубанскую государственную медицинскую академию по специальности «лечебное дело» в 1997 году, в 1998 году – интернатуру по специальности «акушерство и гинекология». Имеет ученую степень доктора медицинских наук, подготовку по специальности «организация здравоохранения и общественное здоровье», а также высшую квалификационную категорию по специальностям «акушерство и гинекология» и «организация здравоохранения и общественное здоровье».

Во время обучения Филиппов начал работать врачом – акушером-гинекологом в Родильном доме Сочи. В феврале 2004 года занял должность заведующего отделением Перинатального центра Сочи, позднее – главного врача. С сентября 2010 года по июль 2013 года возглавлял Городскую больницу № 9 города Сочи, в июле 2013 года был назначен министром здравоохранения Краснодарского края.

В конце октября 2025 года в регионе назначили нового замгубернатора, курирующего здравоохранение, – в должность вступил Александр Руденко. Он сменил Анну Минькову, занимавшую пост с 2015 года. Решение об уходе экс-замгубернатора приняла самостоятельно, по «личным убеждениям».

В прошедшем 2025 году ротации глав региональных органов здравоохранения коснулись 26 субъектов РФ. Основной причиной смены управленцев стали увольнения «по собственному желанию», но были и чиновники, которые лишились своих мест в связи с возбуждением уголовных дел или после критики губернаторов. Кроме того, кураторы здравоохранения – заместители председателей региональных правительств в 2025 году сменились в 15 субъектах. Подробнее – в обзоре Vademecum.