Евгения Никонова 30 июля 2024 года задержали сотрудники ФСБ и МВД России. В ходатайстве об аресте было указано, что дело возбудили в отношении нескольких должностных лиц Министерства здравоохранения Хабаровского края и других фигурантов по признакам преступлений, предусмотренных ч. 4 ст. 159 УК РФ (мошенничество), ч. 3 ст. 285 УК РФ (злоупотребление должностными полномочиями).

В одно производство объединили еще шесть уголовных дел, в том числе возбужденное 15 августа 2023 года по ч. 6 ст. 290, ч. 5 ст. 291 (дача взятки), ч. 4 ст. 291 УК РФ (посредничество во взяточничестве) – по предполагаемому факту дачи и получения взятки через посредника в особо крупном размере. Вину Никонов не признает.

После задержания в региональном Следственном комитете сообщали, что экс-чиновник мог получать взятки при махинациях с государственными контрактами. Местные СМИ уточняли, что с Никоновым могли действовать некоторые его подчиненные и аффилированные лица, которые якобы организовали системные хищения при закупках в медицинской сфере.

Центральный райсуд Хабаровска 31 июля 2024 года заключил Никонова под стражу на два месяца – до 29 сентября включительно. В августе Хабаровский краевой суд не стал менять меру пресечения и оставил Евгения Никонова в СИЗО.