Прописаны общие цели и требования мероприятий по гражданской обороне, а также конкретные задачи, которые должно выполнить агентство и его региональные подразделения для их достижения.

Среди них – ряд стандартных мероприятий, например, обучение сотрудников, создание и поддержание в рабочем состоянии системы оповещения на базе технических средств нового поколения, разработка плана эвакуации при чрезвычайных ситуациях, формирование запаса средств индивидуальной защиты, возведение и поддержание в состоянии готовности защитных сооружений гражданской обороны и подземных сооружений.

В перечне также создание и оснащение необходимых сил гражданской обороны, а также поддержание их взаимодействия с ВС РФ, планирование основных видов жизнеобеспечения для сотрудников. Помимо этого, агентство должно заняться подготовкой световой маскировки определенного перечня важных объектов.

Среди основных задач – отладка межведомственного взаимодействия с Главным управлением Национального центра управления в кризисных ситуациях МЧС России.

В военное время ФМБА должно заниматься подготовкой, оповещением, эвакуацией гражданских служащих и работников, а также членов их семей, предоставлением им средств индивидуальной и коллективной защиты, проведением аварийно-спасательных работ, обнаружением и контролем подведомственных объектов, подвергшихся радиоактивному, химическому или биологическому заражению, восстановлением работы коммунальных служб на своих объектах, захоронением трупов и выполнением других задач. Также агентство наделяется полномочиями для самообеспечения и поддержки своего функционирования в военное время.  

Сейчас в контуре медобслуживания агентства находится 738 государственных организаций, среди которых – Запорожская АЭС, ВНИИ радиоаппаратуры, Завод радиотехнического оборудования и Российский институт радионавигации и времени в Санкт-Петербурге. Недавно в список территорий, обслуживаемых ФМБА, были включены город Валдай и Валдайский район Новгородской области.