Лена Афанасьева в 1992 году окончила Якутский государственный университет им. М.К. Аммосова по специальности «лечебное дело», в 1993 году завершила прохождение интернатуры в медсанчасти города Мирного, а в 1996 году – клинической ординатуры в Российской медакадемии непрерывного профессионального образования.

В 2004 году Афанасьева защитила кандидатскую диссертацию на базе Российского онкологического научного центра РАМН им. Н.Н. Блохина. Трудовую деятельность она начала в 1992 году, работая акушером-гинекологом в головной медико-санитарной части производственно-научного объединения «Якуталмаз». В разное время была онкологом, заведующей гинекологическим отделением, замглавврача по организационно-методической и мобилизационной работе Якутской городской больницы №5, а также замначальника Управления здравоохранения, заместителем руководителя, а позднее руководителем Управления здравоохранения города Якутска.

С 2017 по 2021 год Лена Афанасьева была главным врачом Якутского республиканского онкологического диспансера. В октябре 2021 года ее назначили исполняющей обязанности министра здравоохранения Якутии.

Возглавлявшая с 2018 года ведомство Елена Борисова освобождена от должности в связи с переходом на другую работу. Министр ушла в отставку на фоне ухудшения ситуации с COVID-19 – ежесуточно в республике выявляли более 260 случаев заражения, в то время как месяцем ранее показатель был на уровне 170 случаев.