В инфраструктуру научно-клинического комплекса войдет центр крови (с заготовкой до 20 литров крови в год), криобанк, отделение на четыре операционных для взрослых, отделение анестезиологии и реаниматологии с послеоперационными палатами на 10 коек. Также в корпусе расположится отделение детской реанимации и интенсивной терапии на шесть коек и операционное отделение с послеоперационной палатой на две койки, отделения реанимации и интенсивной терапии на 30 коек.

НИИ детской онкологии, гематологии и трансплантологии им. Р.М. Горбачевой открылся в 2007 году и входит в состав ПСПбГМУ. Специализируется на трансплантации костного мозга при онкологических заболеваниях у детей.

В апреле 2018 года Правительство РФ выделило 1,69 млрд рублей на постройку нового корпуса ПСПбГМУ, куда войдет клинико-реабилитационный центр клиники НИИ им. Р.М. Горбачевой и офтальмологический центр.

Клиника общей площадью 16,5 тысячи кв. м расположена в Санкт-Петербурге на улице Льва Толстого, дом 6–8. Проектно-изыскательские работы стоимостью 22 млн рублей проведены в 2018 году, а строительство должно было завершиться к 2021 году. Однако этот дедлайн соблюсти не удалось, в настоящее время клинико-реабилитационный и офтальмологический центры НИИ им. Р.М. Горбачевой готовят к вводу в эксплуатацию.