В кассационной жалобе Минфин РФ указывал на несоответствие выводов апелляционной инстанции фактическим обстоятельствам дела и просил оставить в силе решение Арбитражного суда Республики Башкортостан от 5 июля 2021 года (первая инстанция). В Минфине настаивали на том, что Восемнадцатый арбитражный апелляционный суд не в полной мере исследовал вопрос обеспечения детей-инвалидов лекарственными средствами.
Ссылаясь на федеральное законодательство, программу госгарантий и нормативные акты Республики Башкортостан, Минфин отметил, что обеспечение детей-инвалидов препаратами, не входящими в «Перечень-24» или ЖНВЛП, по медицинским показаниям и по решениям врачебной комиссии должно производиться за счет регионального бюджета. Арбитражный суд Уральского округа согласился с доводами Минфина РФ.
В 2017 году консилиум врачей Российской детской клинической больницы Минздрава РФ назначил Эмилю Альмухаметову препарат Бринейра, являющийся в настоящее время единственной в мире возможной терапией болезни Баттена (досье на регистрацию препарата в России было подано в сентябре 2019 года). В связи с тем, что Минздрав Башкирии не спешил закупать препарат, родители мальчика обратились в Кировский районный суд Уфы, который в 2018 году обязал ведомство сделать это. В общей сложности в 2019-2020 годах региональный Минздрав потратил на закупку 54,1 млн рублей. Стоимость одной упаковки лекарственного средства составляет 2,9 млн рублей.
В марте 2020 года региональный Минздрав обратился в Арбитражный суд Республики Башкортостан с целью взыскать потраченные на препарат средства с РФ, но суд не удовлетворил исковые требования, сославшись на то, что Бринейры нет ни в перечне ЖНВЛП, ни в перечне назначаемых по решению врачебной комиссии лекарственных средств (приказ Минздрава РФ №665). В связи с этим, указали в суде, ФЗ-178 «О государственной социальной помощи», предписывавший обеспечивать детей-инвалидов препаратами в пределах лекарственных перечней, в данном случае неприменим. Зато постановление Правительства РФ №890 «О государственной поддержке развития медицинской промышленности и улучшении обеспечения населения и учреждений здравоохранения лекарственными средствами и изделиями медицинского назначения» предписывает обеспечивать инвалидов всеми препаратами в амбулаторных условиях бесплатно за счет регионального бюджета.
Минздрав республики решил оспорить решение суда. В сентябре 2021 года Восемнадцатый арбитражный апелляционный суд встал на сторону истца, но удовлетворил его требования не в полном объеме, так как часть средств ведомству уже была компенсирована из резервного фонда правительства региона. Суд постановил вернуть Минздраву только 18,3 млн рублей, подчеркнув, что постановление Правительства РФ №890 носит рекомендательный характер и не является обязанностью региона.