Дело расследовало Управление ФСБ по Новосибирской области. По версии следствия, Михаил Садовой с начала января 2009 года по конец ноября 2017 года совместно с подчиненными, учредителем и управляющим компании ООО «Бизнес-Аналитика» похитил 1,3 млрд рублей при организации поставок медицинских товаров для нужд клиники, а затем заключил фиктивные сделки на сумму более 940 млн рублей для легализации полученных средств.

Вместе с бывшим руководителем НИИТО подозреваемыми по делу проходят заведующая аптекой института Елена Водянкина, учредитель и управляющая ООО «Бизнес-аналитика» Эльвира Хафизова и Светлана Тыщенко, а также консультант НИИТО по стратегическому развитию Сергей Поскочин. Последний скрылся за границей и объявлен в международный розыск.

Михаилу Садовому инкриминируют ч. 4 ст. 160 УК РФ (растрата, совершенная лицом с использованием своего служебного положения, организованной группой, в особо крупном размере) и п. «а», «б» ч. 4 ст. 174.1 УК РФ (легализация денежных средств, приобретенных лицом в результате совершения им преступления, с использованием своего служебного положения, организованной группой, в особо крупном размере). По данным СМИ, бывший глава НИИТО заключил сделку со следствием, признал вину и рассказал о схеме преступления.

Впервые в поле зрения правоохранительных органов Михаил Садовой попал в 2018 году. В июне 2019 года Центральный районный суд Новосибирска приговорил его к трем годам лишения свободы в колонии общего режима и штрафу в размере 100 тысяч рублей по обвинению в растрате 10,7 млн рублей, принадлежащих институту.

После условно-досрочного освобождения в феврале 2020 года Садовой был снова задержан – по подозрению в причастности к хищению средств при госзакупках института. Первоначально ущерб оценивался в 500 млн рублей. На время следствия суд поместил Садового под домашний арест.