Дело возбуждено по материалам ФСБ по ч. 4 ст. 160 УК РФ (присвоение в особо крупном размере) и ст. 174.1 УК РФ (отмывание денег). Кроме того, Владимира Краснова подозревают в хищении мебели института на общую сумму 1,5 млн рублей. По версии правоохранителей, мебель была незаконно списана и передана аффилированной компании после двух лет эксплуатации.

В августе 2020 года Центральный районный суд Новосибирска приговорил бывшего финансового директора ННИИТ Елену Гузиенко к трем годам лишения свободы условно по обвинению в мошенничестве. По версии следствия, в институте проходили махинации с субарендой помещений для отделения платных услуг, предполагаемый ущерб оценивался в 5,2 млн рублей. Подсудимая признала вину и частично возместила ущерб, ее дело было рассмотрено судом в особом порядке.

Дело ННИИТ Минздрава РФ уже третье о хищениях на госзакупках в медицинских институтах Новосибирска за последние два года. В феврале 2019 года было возбуждено дело о хищении 1,3 млрд рублей в НМИЦ им. академика Е.Н. Мешалкина, в результате которого под следствием оказались экс-глава НМИЦ Александр Караськов и ряд руководителей клиники, в феврале 2020 года по обвинению в присвоении и отмывании аналогичной суммы в 1,3 млрд рублей был задержан бывший директор НИИТО им. Я.Л. Цивьяна Михаил Садовой.

ФГБУ «Новосибирский НИИ туберкулеза» Минздрава РФ создан в 1943 году, он курирует противотуберкулезные мероприятия, научные исследования и лечение профильных заболеваний в 21 регионе РФ в Сибирском и Дальневосточном федеральных округах, в НИИ работают 312 сотрудников. Владимир Краснов работал в Новосибирском НИИ туберкулеза с 1978 года. В 1989 году он стал директором НИИ и пробыл на этом посту до 2019 года, написав в декабре заявление об увольнении по собственному желанию.