Управление СК РФ по Иркутской области в октябре 2020 года возбудило уголовное дело в отношении Наталии Ледяевой по ч. 4 ст. 159 УК РФ (мошенничество, совершенное в особо крупном размере) и п. «а» ч. 2 ст. 238.1 УК РФ (обращение фальсифицированных, недоброкачественных и незарегистрированных лекарственных средств, медицинских изделий, совершенное группой лиц по предварительному сговору).

По данным следствия, с мая по октябрь 2020 года Ледяева совместно со своим сыном Ильей Белоусовым и другими сообщниками обманным способом похитили из бюджета Иркутской области 25 млн рублей во время закупки средств индивидуальной защиты (СИЗ) – медицинских масок и респираторов для региональных клиник. Наталия Ледяева, будучи министром здравоохранения, понимала, что поставщик не сможет отгрузить СИЗ, которые бы соответствовали условиям государственного контракта, однако оказала содействие при его заключении.

Октябрьский районный суд Иркутска в октябре 2020 года направил в СИЗО на два месяца сына главы Минздрава региона Илью Белоусова как основного фигуранта дела о поставке фальсифицированных медицинских масок в региональные медучреждения. Еще пять фигурантов дела отправлены под домашний арест. Этот же суд в декабре 2020 года отправил в СИЗО и Ледяеву.

Наталия Ледяева, которая возглавляла региональное Министерство здравоохранения с декабря 2019 года, написала заявление об увольнении в начале ноября 2020 года. Спустя почти месяц сотрудники ФСБ и МВД России по Иркутской области задержали экс-министра, у нее дома провели обыск.