Сотрудники клиники написали обращение региональным СМИ, в котором сообщили, что 7 мая 2020 года следователь УФСБ по Новосибирской области вынес постановление о передаче в качестве вещественных доказательств медицинского оборудования клиники на ответственное хранение ННИИТО им. Я.Л. Цивьяна. По утверждению авторов письма, статус вещественных доказательств у медоборудования отсутствует, а само оборудование приобреталось клиникой в лизинг. До этого дознаватель ФСБ разрешил оставить медоборудование в АНО «Клиника НИИТО» директору Оксане Шелякиной на ответственное хранение.
В «Клинике НИИТО» считают, что передача оборудования сделает невозможной оказание медпомощи пациентам. Медучреждение вошло в перечень перепрофилированных под больных COVID-19.
В феврале 2018 года в отношении Михаила Садового, руководившего ННИИТО им. Я.Л. Цивьяна с 2006 года, было возбуждено уголовное дело по ч. 4 ст. 160 УК РФ (присвоение или растрата в особо крупном размере). Садовой ушел со своего поста. В июне 2019 года Центральный районный суд Новосибирска приговорил его к трем годам лишения свободы в колонии общего режима и штрафу в размере 100 тысяч рублей, но в феврале 2020 года он вышел по УДО.
В конце февраля 2020 года Михаил Садовой был вновь задержан по подозрению в хищениях бюджетных средств при госзакупках в ННИИТО, ущерб медучреждению превысил 500 млн рублей. Центральный районный суд Новосибирска отправил его под домашний арест.
В составе АНО «Клиника НИИТО» 96 хирургических и реабилитационных коек, 20 коек в анестезиолого-реанимационном отделении и 8 операционных. Ежегодно в клинике медпомощь, включая амбулаторное лечение, получают около 320 тысяч пациентов. По данным СПАРК-Интерфакс, в настоящее время учредителями АНО «Клиника НИИТО им. Я.Л. Цивьяна Минздрава России», помимо ННИИТО, значатся Николай Фомичев и Оксана Шелякина. Выручка клиники в 2018 году составила 663,6 млн рублей, чистый убыток – 20 млн рублей.
