Сторона обвинения решение суда не поддержала и 24 марта попросилa направить материалы об УДО на новое рассмотрение. В прокуратуре отмечали, что за время отбывания наказания Покушалов получил взыскание. Однако, по информации «Коммерсанта», оно уже погашено.
По данным следствия и суда, Евгений Покушалов в 2015–2018 годах совместно с другими фигурантами дела – бывшим руководителем НМИЦ им. Е.Н. Мешалкина Александром Караськовым, его супругой, главой организационно-клинической службы центра Ириной Бойцовой и директорами нескольких компаний – создали для ряда юрлиц условия для победы на аукционах, по которым центр закупал различные медицинские товары. По подсчетам СК, таким образом фигуранты похитили из бюджета 1,9 млрд рублей.
В феврале 2019 года Покушалова задержали сотрудники ФСБ, а суд поместил его под стражу. В апреле врача перевели из СИЗО под домашний арест. В конце этого же года фигуранты дела перечислили Минздраву Новосибирской области более 960 млн рублей в качестве компенсации за нанесенный ущерб. В начале 2020 года Покушалов заключил с прокуратурой досудебное соглашение о сотрудничестве и был отпущен под подписку о невыезде. Он полностью признал вину.
В связи с этим дело Покушалова рассматривалось в суде отдельно. Приговор огласили в начале ноября 2021 года – Покушалову назначили 2,5 года колонии общего режима со штрафом в размере 400 тысяч рублей. Прокуратура запрашивала для обвиняемого 3,5 года колонии. Процесс в отношении других фигурантов дела начался в марте 2022 года.
В марте 2021 года Советский районный суд Новосибирска удовлетворил иск прокуратуры об изъятии недвижимости Евгения Покушалова в доход РФ. Среди объектов оказалась квартира стоимостью $1,28 млн в Бруклине (Нью-Йорк, США). В 2022 году тот же суд постановил конфисковать квартиру в Академгородке Новосибирской области, которую, по данным ведомства, врач купил за 37 млн рублей и затем оформил на родственницу. Решения об изъятии имущества Покушалов оспорить не смог.
В феврале 2023 года Евгений Покушалов подал ходатайство об условно-досрочном освобождении, чтобы продолжить заниматься научной деятельностью. В марте заявление осужденного было удовлетворено.
