В феврале 2019 года ФСБ по подозрению в мошенничестве при поставках медицинских изделий в НМИЦ на 1,35 млрд рублей задержала заместителя директора клиники Евгения Покушалова, а также руководителей компаний-поставщиков Александра Третьякова, Евгения Первушина и Александра Сорокина. Противоправные действия совершались ими в 2015–2018 годах. Всех четверых подозреваемых суд отправил в СИЗО на два месяца.

Александр Сорокин и Евгений Первушин, по данным СПАРК-Интерфакс, являются совладельцами (55% и 45% соответственно) ООО «Фаворит», входящего в группу компаний «Клатона» – крупнейшего поставщика медизделий и лекарственных препаратов в НМИЦ им. академика Е.Н. Мешалкина. Вместе с Покушаловым они проходят фигурантами дела  по ч. 4 ст. 159 УК РФ (мошенничество, совершенное организованной группой либо в особо крупном размере)

Накануне, 15 апреля 2019 года, стало известно,  что суд перевел  Евгения Покушалова и Александра Третьякова из следственного изолятора под домашний арест на два месяца. Смягчить меру пресечения подозреваемым просило следствие.

В ноябре 2018 года Управление антимонопольной службы по Новосибирской области вынесло обвинительный вердикт в отношении НМИЦ им. академика Е.Н. Мешалкина. Как выяснило УФАС, в ходе проводившейся в феврале 2018 года проверки между ООО «Фаворит» и НМИЦ в течение 2017 года существовало неформальное взаимодействие, направленное на создание преимущественных условий дистрибьютору при планировании закупок и проведении торгов. В частности, представители центра вели диалог с поставщиком относительно содержания закупочной документации, начальной (максимальной) цены объявляемых тендеров, а также передавали сведения о планах закупок.