Согласно распоряжению правительства РФ №2424-р от 19 декабря 2013 года (есть в распоряжении VM), за каждым из трех исполнителей закреплена своя часть работ в рамках информатизации. Ростех будет заниматься поддержкой и развитием ключевых подсистем ЕГИСЗ: федеральной электронной регистратуры, электронной медицинской карты, ведения специализированных регистров пациентов по отдельным нозологиям и категориям граждан, а также предоставит вычислительные мощности федерального центра обработки данных тестовой площадке ЕГИСЗ.

НИИ «Восход», подведомственный Минкомсвязи, предоставит вычислительные мощности федерального центра обработки данных для основной площадки ЕГИСЗ, а компания Ростелеком – для резервной площадки системы. Компании определены единственными исполнителями этих работ на период с 2014 по 2018 годы. Согласно концепции ЕГИСЗ, утвержденной приказом Минздравсоцразвития №364 от 28 апреля 2011 года, вся программа внедрения системы продлится до 2020 года.

Размер средств, которые будут выделены из федерального бюджета на внедрение федеральных компонентов ЕГИСЗ в следующем году, пока не определен. В бюджете Федерального фонда обязательного медицинского страхования, утвержденном федеральным законом №321 от 2 декабря 2013 года на следующий год, нет отдельной строки на модернизацию здравоохранения, которая включает в себя информатизацию, – предполагается, что программа будет финансироваться из остатка средств бюджета фонда.  В период с 2011 по 2013 год на развитие федерального сегмента ЕГИСЗ из ФФОМС было направлено около 4 млрд рублей.