«Не знаю, занимаю ли я еще должность внештатного специалиста, – я приказов не получаю», – пояснил Ковалев РБК, не уточнив, что именно нарушил. Врио директора центра назначен заместитель Ковалева по научной работе Игорь Макаров.

В июле 2020 года издание «Ленправда» рассказало о проверке Росздравнадзора в отношении РЦСМЭ, в соответствии с планом Генпрокуратуры РФ. Были выявлены «многочисленные нарушения действующего законодательства», а также «содержались сведения о совершенных должностными лицами РЦСМЭ, в том числе при непосредственном участии Ковалева, уголовно наказуемых деяний». Акт данной ревизии был отменен.

Позже то же издание сообщило, что свою проверку центра проведет и ГСУ СК Москвы после получения от «работников здравоохранения» информации о «противоправных действиях руководства». В СУ СК не ответили на запрос Vademecum относительно данной проверки.

Андрей Ковалев в 1985 году окончил факультет подготовки врачей для Военно-морского флота Военно-медицинской академии им. С.М. Кирова, в 1986-м – интернатуру по специальности «судебно-медицинская экспертиза». 

Служил начальником медицинской службы РКР «Адмирал Зозуля» Краснознаменного Северного флота, затем с 1997 по 2005 год заведовал Северо-Западной межрегиональной остеологической лабораторией Ленинградского областного бюро судебно-медицинской экспертизы.

С 2005 по 2009 год был старшим судебно-медицинским экспертом ФГКУ «111 Главный государственный центр судебно-медицинских и криминалистических экспертиз» Минобороны России. В июне 2009 года перешел в Российский центр судебно-медицинской экспертизы Минздрава, который возглавил в 2012 году.

Заведует кафедрой судебной медицины в Российской медицинской академии непрерывного профессионального образования.