Скорректированный с учетом дополнительных доходов в 1,1 трлн рублей бюджет в Государственную думу Правительство внесло 29 мая. Счетная палата провела аудит исправленных бюджетных статей и констатировала, что дополнительные траты, которые заявил, к примеру, Минздрав на проекты закупок оборудования и ремонта, необоснованны.

К их числу СП отнесла закупку медицинского оборудования для Научно-исследовательского института пульмонологии ФМБА, капитальный ремонт главного корпуса и фасада здания института им. А.В. Вишневского, запуск отделения вспомогательных технологий в лечении бесплодия в Научном центре акушерства, гинекологии и перинатологии им. академика В.И. Кулакова и другие.

Всего необоснованными, указано в аудиторском отчете, Счетная палата сочла дополнительные траты Минздрава в размере 537 млн рублей. В результате фракция КПРФ, «Справедливой России» и ЛДПР законопроект в первом чтении не поддержала. История повторилась и при третьем чтении законопроекта, которое состоялось 21 июня 2017 года. Лидер «Справедливой России» Сергей Миронов назвал предложенный правительством бюджет необъективным и не направленным на решение социальных проблем страны. Несмотря на протест оппозиционных фракций, законопроект был принят большинством голосов.