Реорганизация клиники будет проведена по распоряжению правительства, подписанному в феврале 2015 года. По словам ректора СПбГУ Николая Кропачева, клиника сохранит нынешнюю систему управления.

«Мы не планируем вытеснять из клиники студентов других медицинских вузов, централизованно организовывать здесь практику только студентов-медиков СПбГУ, и не собираемся использовать клинический комплекс в качестве ведомственной поликлиники и стационара, – подчеркнул Николай Кропачев. – Для нас важно решить задачу развития современной медицинской науки в России, что невозможно сделать без постоянного взаимодействия практикующих врачей с учеными и специалистами самых разных направлений – от физиков до психологов, от юристов до экономистов».

Одним из первых совместных проектов станет поиск причин возникновения рака щитовидной железы и рака надпочечников. НМХЦ им. Н.И. Пирогова — лидирующее медучреждение по объему выполняемых операций на щитовидной железе.

В начале марта 2015 года стало известно, что масштабная реорганизация медучреждений ждет и Псковскую область.