В ходе проверок были выявлены отдельные нарушения финансовой дисциплины и действующего законодательства, в том числе случаи неэффективного и нецелевого использования средств федерального бюджета. Минздраву РФ был предъявлен ряд претензий.

При оценке исполнения государственных контрактов Счетной палатой был выявлен значительный разброс цен на закупку одного и того же лекарственного препарата между регионами при сопоставимых условиях закупки.

Как отмечается в пресс-релизе Счетной палаты, в Тульской области лекарственный препарат Капреомицин был закуплен по цене 219,9 рубля за единицу, в Курской области же этот препарат закупали за 522,37 рубля. В Волгоградской области противовирусный препарат Ламивузин приобретался за 117,27 рублей, а в Курганской области – за 1 380. В Камчатском крае Левофлоксацин был закуплен по цене 99,99 рубля за единицу, а в Челябинской области – по 226,16 рубля. В связи с этим Счетная палата предлагает Минздраву России проводить мониторинг осуществления региональных закупок.

Кроме того, коллегия ведомства отметила, что некоторые медицинские организации не выполнили установленные объемы государственного задания, при этом полностью израсходовали выделенные бюджетные средства. Среди указанных организаций ГБОУ ВПО «Башкирский государственный медицинский университет» Минздрава России и ГБОУ ВПО «Южно-Уральский государственный медицинский университет» Минздрава России.

Анализ эффективности расходования средств на реализацию инвестиционных проектов программы показал, что до настоящего времени не введены в эксплуатацию 12 из 16 объектов (75%), запланированных к вводу в 2013 году. При этом по указанным 12 объектам в 2013 году было освоено 980,5 млн рублей (95,1% от профинансированных средств).